1) „Agora” kręcona była przez 15 tygodni na Malcie (rozważano też Turcję, Tunezję, Maroko, południe Hiszpanii), częściowo w bardzo znanych filmowych plenerach: Fort Ricasoli pojawił się już wcześniej na przykład w „Gladiatorze”, „Helenie Trojańskiej” czy w „Troi”. Scenografię budowała ekipa licząca 400 osób, plan filmowy i zbudowane makiety były największymi, jakie kiedykolwiek stanęły na Malcie.

2) Wśród doradzających ekipie ekspertów znaleźli się wykładowcy Uniwersytetu Autonomicznego w Madrycie, między innymi historyk nauki profesor Javier Rodriguez, ekspertka w dziedzinie roli kobiet w starożytności profesor Elisa Gonzalez, a także filolog profesor Carlos Garcia Gual z madryckiego Uniwersytetu Complutense i astrofizyk Antonio Mampaso Recio z Instytutu Astrofizyki na Wyspach Kanaryjskich (ten ostatni uczył Weisz posługiwania się starodawnymi urządzeniami astronomicznymi).

3) Ekranowa Hypatia umiera jako młoda dziewczyna, w rzeczywistości miała prawdopodobnie około 60 lat! Za czasów biskupa Teofila, a więc w okresie, gdy rozgrywa się akcja filmu, nie dotknęły jej żadne szykany, była osobą bardzo szanowaną. Samo miasto Aleksandria pokazano jako pogańskie, dopiero rodzą się w nim ruchy chrześcijańskie, a przecież – akcja filmu rozgrywa się w 391 roku – od 380 roku chrześcijaństwo było panującą religią w Cesarstwie Rzymskim. Bibliotekę Aleksandryjską spalono zaś prawdopodobnie dużo wcześniej – naukowcy uważają, że zniszczony w 391 roku Serapejon nie zawierał już żadnych zbiorów.

4) W filmie o rękę Hypatii starają się dwaj mężczyźni. Niewolnik Dawos to postać czysto fikcyjna, z kolei Orestes autentyczna, został później prefektem Aleksandrii.