Prawdziwy rozkwit kariery aktora przypada jednak na lata 90. W 1991 roku miało bowiem premierę opus magnum Hopkinsa, czyli kultowe "Milczenie owiec". Wielu widzów wciąż kojarzy go przede wszystkim z genialnej roli dr. Hannibala Lectera, mordercy-geniusza, który pomaga w śledztwie młodej agentce FBI. Rola ta przyniosła mu Oscara, nagrodę BAFTA i wiele innych wyróżnień.

"Milczenie owiec" to jednak niejedyny film grozy, w którym możemy zobaczyć Hopkinsa. Wystąpił on także u boku Gary'ego Oldmana i Winony Ryder w kulowym już horrorze "Dracula" z 1992. Wówczas wcielił się w postać profesora Abrahama Van Helsinga.

W 1993, mogliśmy zobaczyć Hopkinsa w kolejnej genialnej roli. W filmie "Okruchy dnia" aktor wcielił się Jamesa Stevensa, zasłużonego kamerdynera, który po latach wiernej służby postanawia w końcu skupić się na sobie i odnaleźć kobietę, z którą przed laty pracował. Za tę rolę Hopkins był nominowany do Oscarów, Złotych Globów i BAFTA. Tym razem nie zdobył jednak żadnej z tych nagród (przynajmniej za tę rolę, o czym więcej w kolejnym slajdzie.

Co ciekawe, w tym samym roku Hopkins zagrał także w innym bardzo dobrym filmie, "Cienista dolina", opowiadającym o miłość pisarza C.S. Lewisa do poetki Joy Gresham. Również za rolę w tym filmie Hopkins był nominowany do BAFTA (w tym samym roku był nominowany za dwie różne role) i właśnie za tę rolę, a nie za kreację w "Okruchach dnia", otrzymał statuetkę, drugą w swojej karierze.